Причем при всех огромных доходах столь крупного бизнеса практически никакого позитивного эффекта на состояние отечественного спорта он не оказывал.
Когда у НФС стали отбирать льготы, а происходило это постепенно, пролилась первая кровь. В марте 1995 года пули настигли эксперта дирекции внешнеэкономической деятельности НФС Льва Гаврилина, который являлся и членом оргкомитета Игр доброй воли.
Через год начались проблемы у руководителя НФС и банка «Национальный кредит» Бориса Федорова. Вначале его арестовали за то, что в бардачке автомобиля обнаружили несколько граммов кокаина, но освободили, когда Федоров был смещен со своего поста в НФС. Его преемником стал полковник антикоррупционного отдела Службы безопасности президента, бывший начальник одного из отделов Московского уголовного розыска Валерий Стрелецкий — ближайший сподвижник Александра Коржакова, тогдашнего всесильного руководителя Службы безопасности Ельцина.
Проблемы же Федорова, как оказалось, только начинались: спустя две недели на него совершили покушение. Киллер сумел выпустить только одну пулю — на второй пистолет заклинило. Тогда Борису нанесли четыре ножевых ранения в шею и грудь. После излечения он был возвращен на руководящую должность в НФС, но уже на должность вице-президента.
Федоров оказался в эпицентре информационной войны. В разгар предвыборной гонки 1996 года была предана огласке пленка аудиозаписи его беседы с членами ельцинского избирательного штаба, где он дает исчерпывающую характеристику своему бывшему коллеге и покровителю — министру физкультуры и спорта Шамилю Тарпищеву и его высокопоставленным друзьям. Федоров обвинил Коржакова, Барсукова и Тарпищева в коррупции и вымогательстве, а также обличил последнего в связях с Тайванчиком, «авторитетами» Измайловской группировки и другими.
В 1999 году Федоров в возрасте 40 лет скоропостижно скончался от острой сердечной недостаточности при странных обстоятельствах.
После выборов 1996 года наступил относительный политический штиль, и такую засветившуюся структуру, как НФС, нужно было тихонько уводить в тень. Не случайно бывший заместитель руководителя Счетной палаты Юрий Болдырев считает, что это чуть ли не самое крупное «нарушение» того периода ельцинской эпохи. Всего, по его словам, в 1995 году из Федерального бюджета через спортивные организации утекло за счет таможенных неплатежей свыше 37 трлн. рублей (тогда это было свыше 9 млрд. долларов), из них 32 трлн. рублей прошли через Национальный фонд спорта.